Nueva variante de Ómicron predomina en el país

• Los casos identificados correspondieron a personas residentes en todo el territorio nacional, se ha confirmado la presencia de la VOC Ómicron en 82 cantones del país.

Esta mañana mediante un comunicado de prensa emitido por INCIENSA, dieron a conocer que de acuerdo con el proceso de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 en Costa Rica la variante de preocupación (VOC) Ómicron ha sido dominante desde finales del año pasado y durante las primeras semanas epidemiológicas de este año.

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Entre diciembre del 2021 y febrero del 2022, se han confirmado por secuenciación del genoma completo 815 casos de la VOC Ómicron. La primera secuencia de esta variante fue identificada en un caso correspondiente a la semana epidemiológica 49 del 2021 (del 5 al 11 de diciembre), ya para la semana epidemiológica 51 (del 19 al 25 de diciembre) la variante Ómicron representó el 87 % de las muestras secuenciadas. Entre las semanas epidemiológicas 2 al 8 del 2022 (del 9 de enero al 26 de febrero) todas las secuencias obtenidas a la fecha pertenecían a esta variante de preocupación. 

Los casos identificados correspondieron a personas residentes en todo el territorio nacional, se ha confirmado la presencia de la VOC Ómicron en 82 cantones del país. La edad de los pacientes va desde un mes hasta los 100 años y la distribución por sexo es de 399 hombres y 416 mujeres. 705 de los pacientes manifestaron sentir algún síntoma al momento de la toma de muestra, entre los síntomas referidos más comúnmente se encuentran fiebre, tos, dolor de cabeza, dolor muscular y de articulaciones, rinorrea y dolor de garganta. Se obtuvieron 64 secuencias de pacientes que se encontraban hospitalizados al momento de la toma de muestra y se ha confirmado la VOC Ómicron en nueve personas fallecidas.

En el siguiente enlace se pueden consultar los resultados del análisis de tamizaje que se realiza en Inciensa a muestras recibidas en Inciensa de la red de laboratorios para la vigilancia genómica del SARS-CoV-2 https://bit.ly/3HUph8n. Esta prueba permite identificar con alta probabilidad la presencia de la VOC Ómicron en el contexto epidemiológico actual, sin embargo, la identificación definitiva y la clasificación por sublinajes sólo se puede realizar por medio de secuenciación de genoma completo.

Respecto a los sublinajes descritos de la VOC Ómicron en Costa Rica, según la clasificación vigente, el sublinaje que se ha encontrado en mayor proporción es el BA.1.1 (572 secuencias) seguido por el sublinaje BA.1 (234 secuencias). Recientemente se identificaron los primeros nueve casos del sublinaje BA.2 en seis pacientes masculinos y tres femeninos, residentes en las provincias de Limón, Cartago, Heredia, San José y Alajuela, con edades entre los 2 años y los 61 años. Los pacientes fueron diagnosticados entre el 25 de enero y el 15 de febrero del 2022, siete presentaban síntomas al momento de la toma de muestra y dos de ellos requirieron hospitalización en los servicios de salón general y emergencias. Dicho sublinaje fue notificado oportunamente a la comunidad internacional a través del Centro Nacional de Enlace del Reglamento Sanitario Internacional.

Las propiedades de BA.2 están bajo investigación, la Organización Mundial de la Salud recomienda dar seguimiento a la introducción y distribución de este sublinaje que ha sido identificado en más de 57 países. Si bien al 25 de enero del 2022 el sublinaje BA.1 representó el 98,8 % de los casos secuenciados enviados a la base de datos pública GISAID, BA.2 está aumentando en proporción en países como Dinamarca, el Reino Unido, India y Sudáfrica; este sublinaje representa el 2,2 % de las secuencias de Ómicron en los países de la Unión Europea y es el sublinaje dominante en Dinamarca. Estudios preliminares sugieren que el sublinaje BA.2 tiene una mayor tasa de crecimiento en comparación con BA.1 y que puede ser 1,5 veces más transmisible. Sin embargo, las primeras evaluaciones no sugieren una diferencia en la efectividad de la vacuna contra la enfermedad sintomática para BA.2 en comparación con BA.1, ni tampoco una diferencia en el riesgo de ingresos hospitalarios entre ambos sublinajes.

El Inciensa, con la colaboración el Hospital Nacional de Niños (que para esta actualización aportó 24 secuencias de SARS-CoV-2), la red nacional de laboratorios públicos (CCSS) y privados y con el apoyo de la facultad de microbiología de la Universidad de Costa Rica continuará con la vigilancia genómica del SARS-CoV-2 para dar seguimiento al comportamiento de las variantes y sublinajes del virus que circulan en el país.